Фамилия Хольджанова — женская форма фамилии Хольджанов, которая почти наверняка имеет тюркское происхождение. Основа фамилии — имя Хольджан, которое состоит из двух частей. Первая часть, «хольд», скорее всего, восходит к тюркскому слову «хол» или «кол» — «рука», «раба» (в значении «слуга» или «раб божий»). Вторая часть — «джан» — распространённый в тюркских и персидских именах элемент, означающий «душа», «жизнь» или «дорогой». Таким образом, имя Хольджан можно перевести как «раб души» или «слуга жизни» — типичное для мусульманского мира составное имя с религиозным или пожелательным смыслом.

Фамилия образована по русской модели: к основе Хольджан добавили патронимический суффикс -ов, а затем окончание -а для женского рода. Такая модель характерна для фамилий, которые формировались в XIX–XX веках у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в Средней Азии и на Кавказе. Носительниц фамилии Хольджанова можно встретить в Таджикистане, Узбекистане, а также среди таджикской и узбекской диаспоры в России.

Интересная деталь: написание фамилии через «холь» (а не «хол») встречается реже, чем вариант Холджанов. Возможно, это фонетическая запись, отражающая местное произношение, где звук «о» в безударной позиции «акает» или переходит в «ё». Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то встречаются варианты Колджанов, Кулджанов и даже Гулджанов — все они восходят к тому же корню «кол/кул» («раб»). Разница в первой гласной объясняется диалектами: в одних тюркских языках слово произносится как «кул», в других — как «кол».

Сословная принадлежность предков Хольджановых неясна, но, судя по распространённости тюркских составных имён с «джан», это могли быть либо сельские жители, либо ремесленники. Фамилия не дворянская и не княжеская — такие имена чаще носили простые люди, в том числе потомки слуг или вольноотпущенников.