Фамилия Холгинова — женская форма, в мужском варианте звучащая как Холгинов. Её основа и модель образования указывают на то, что перед нами типичная русская фамилия, сформированная по притяжательному принципу: суффикс -ин (-ов/-ев) присоединялся к основе, обозначавшей прозвище или нецерковное имя отца. В данном случае корень «Холгин-» восходит к прозвищу Холга, которое, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В тюркских языках слово «холга» (или «колга», «кулга») может означать «рука», «лапа» или, в переносном смысле, «хваткий», «цепкий» человек. Такие прозвища давали людям за физическую силу, ловкость или упрямство.

Однако есть и более редкая версия, связывающая фамилию с финно-угорскими корнями. В коми-пермяцком языке слово «холга» (вариант — «ольга») означает «глухой», «глухое место» или «лесная чаща». В таком случае прозвище Холга мог получить человек, живший в глухом лесу, либо тот, кто плохо слышал. Эта версия правдоподобна для северных и уральских регионов, где фамилии с тюркскими элементами нередко смешивались с местными названиями.

Географически фамилия Холгинова встречается редко, преимущественно в Поволжье и на Урале — в зоне исторического контакта русских, тюркских и финно-угорских народов. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди крестьян и служилых людей, но массового распространения не получили. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Холгинова единична, что говорит о её узколокальном бытовании: скорее всего, она происходит из одного или двух родов, осевших в конкретных сёлах.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -ин, который в русской ономастике чаще указывает на принадлежность к матери или на прозвище, оканчивающееся на -а/-я. Поскольку основа Холга — женского рода в грамматическом смысле, фамилия могла означать «сын Холги» или «потомок человека по прозвищу Холга». В любом случае, носители фамилии Холгинова — это потомки человека с необычным, пограничным прозвищем, которое могло звучать экзотично для русского уха, но было понятно в многоязычной среде.