Фамилия Холмина — женская форма фамилии Холмин, и её ключ к происхождению лежит не в географическом объекте, а в прозвище. Вопреки ожиданию, напрямую от слова «холм» её выводят редко: топографические прозвища вроде Холмской или Холмогорова обычно оформлялись иначе. Скорее всего, в основе лежит некалендарное имя или прозвище Холм, которое на Руси давали плотному, коренастому человеку — «как холм», устойчивому и крепкому. Такие имена по внешним признакам были обычны в крестьянской среде до XVII века.

Модель образования проста: к основе «Холм» добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Холма» или, в женском варианте, «дочь/жена Холма». Суффикс -ин, в отличие от -ов, характерен для основ на -а/-я, но в случае Холмина он прикрепился к мужской основе на согласный — это редкий, но встречающийся в северных и центральных говорах вариант (сравните: Голубин, Рыбин). Такая словообразовательная особенность делает фамилию нешаблонной.

В ономастических словарях фамилия Холмин/Холмина не получила широкого описания, что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, она сложилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давались метко и без вычурности. Второй, менее вероятный вариант — связь с диалектным словом «холма» (кочка, бугорок), но тогда ударение в фамилии сместилось бы, а письменные источники такой формы не фиксируют.

Главное, что стоит запомнить: носители фамилии Холмина — потомки человека, которого окружающие называли Холмом, подчёркивая его физическую стать или устойчивый характер. Это не «фамилия с холма», а фамилия от прозвища, и её редкость — не недостаток, а признак того, что родовая ветвь не разрослась в массовую, сохранив свою историю в узком кругу.