Фамилия Холминский образована по продуктивной модели с суффиксом -ск(ий), который в русской ономастике чаще всего указывает на связь с географическим объектом — населённым пунктом или местностью. Основа, Холм-, прямо отсылает к слову «холм» — возвышенность, небольшой пригорок. В большинстве случаев такие фамилии получали дворяне по названию своего поместья или выходцы из села, стоявшего на холмистой местности. Однако в польской и украинской традиции фамилии на -ский могли присваиваться и крестьянам, и мещанам, особенно если они переселялись из одного села в другое и получали прозвище по прежнему месту жительства.

Конкретных топонимов, от которых пошла фамилия, несколько. В России известны деревни Холмино в Тверской, Смоленской и Псковской областях, а также село Холмское в Крыму. В Беларуси и на Украине есть населённые пункты Холмы, Холмин, Холмск. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим землёй на возвышенности, либо крестьянином, которого записали по названию родной деревни — Холмино. Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища Холм — так могли назвать человека крепкого телосложения, рослого или живущего на горе.

Стоит обратить внимание на окончание -инский, а не -овский. Форма на -инский характерна для фамилий, образованных от названий на -ино (Холмино → Холминский). Если бы фамилия звучала как Холмовский, она бы указывала на топоним Холмово. Таким образом, написание «Холминский» — не случайное, а точное указание на исходный пункт. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается преимущественно в центральных и северо-западных губерниях России, а также среди православного населения Могилёвской губернии, что подтверждает её восточнославянское происхождение без польского шляхетского налёта.