Фамилия Холмяков — наглядный пример того, как географический объект становится семейным именем. В её основе почти наверняка лежит название населённого пункта — Холм или Холмы. Таких сёл и деревень в России десятки: от Псковщины до Сибири. Житель такого места получал прозвание «холмяк» — то есть человек с Холма, а его потомки уже записывались как Холмяковы.

Разберём словообразовательную цепочку. От существительного «холм» образовали прилагательное или прозвище «холмяк» (по аналогии с «сибиряк» от Сибири, «томич» от Томска). Суффикс -як- здесь указывает на принадлежность к местности. Затем к основе «Холмяк-» добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?»: «сын холмяка». Модель типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от мирского имени или прозвища Холмяк. В дохристианской Руси и позже человека могли прозвать по внешности (высокий, «холмом»), по характеру или по месту жительства. Однако в данном случае топонимическое объяснение выглядит убедительнее: фамилия плотно «привязана» к конкретным географическим точкам, а не к абстрактной характеристике.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В одних семьях говорят Холмяко́в (с ударением на последний слог, как у большинства фамилий на -ов), в других — Холмя́ков (с ударением на второй слог, ближе к исходному «холм»). Эта вариативность — не ошибка, а живое свидетельство того, как фамилия бытует в разных диалектных зонах.

Среди однокоренных фамилий — Холмов, Холмогоров, Холмовский. Но Холмяков стоит особняком благодаря редкому суффиксу -як-, который не так часто встречается в русских фамилиях от названий мест. Это сразу выделяет её из ряда «географических» фамилий: если Холмов мог возникнуть просто от прозвища «холм», то Холмяков почти гарантированно отсылает к конкретному селу или деревне, где жил основатель рода.