Фамилия Холохоев — редкий случай, когда форма на -ев, а не на -ов, подсказывает путь к разгадке. В русской ономастике суффикс -ев обычно присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный, шипящий или -й. Но здесь иная история: Холохоев явно происходит от имени или прозвища Холохой, где конечный гласный и определил написание фамилии. Это указывает на то, что основа не славянского, а скорее тюркского или кавказского происхождения.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «холо» (или «коло») — «рука», «кисть». В некоторых тюркских языках «хол» означает «рука», а «хой» может быть уменьшительным или ласкательным аффиксом. Тогда Холохой — прозвище человека с сильными, ловкими руками, либо мастера, работающего руками. Вполне возможно, что предок Холохоевых был ремесленником — кузнецом, плотником, кожевником. Не исключено и более прямое значение: «холох» в некоторых диалектах — это «голый», «лишённый растительности», тогда прозвище могли дать лысому или бритому человеку.

География фамилии подсказывает второй вариант. Холохоевы — типичная фамилия для ингушского и чеченского регионов. В ингушском языке есть слово «хала» — «трудный», «тяжёлый». От него могло образоваться имя Халахой (через чередование гласных) — «тот, кто из тяжёлого рода», «упрямый», «крепкий». При переходе в русскую письменность «а» могло смениться на «о» под влиянием акающих говоров или просто при адаптации звучания. Таким образом, Холохоев — это русифицированная форма вайнахского родового имени, где -ев — обычный русский патронимический суффикс, добавленный к местной основе.

Спор между тюркской и кавказской версиями решается в пользу последней, если учесть ареал фамилии. Холохоевы — это, скорее всего, потомки ингушского тейпа (рода), носившего имя Холохой. В таком случае фамилия не описывает профессию или внешность, а указывает на принадлежность к конкретному роду, основателю которого когда-то дали это прозвище. Значение же этого прозвища уходит корнями в местные наречия и сегодня уже не поддаётся однозначной расшифровке — остаётся лишь предполагать, что в основе лежало слово, означавшее «сильный», «трудный» или, напротив, «голый».