Фамилия Холонин — одна из тех, где основа на первый взгляд прозрачна, но при ближайшем рассмотрении даёт развилку. Главный вопрос: от какого именно «холона» пошла фамилия — от человека или от предмета?

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Холоня. В северных и центральных русских говорах «холоня» — это нерасторопный, медлительный человек, разиня. Такое прозвище могли дать спокойному, флегматичному крестьянину. Модель образования стандартна для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Холони». То есть Холонин буквально означает «потомок Холони».

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с диалектным словом «холон» — так в некоторых областях называли большой деревянный ковш или черпак для питья. В этом случае прозвище мог получить мастер, делавший такую утварь, или же человек, которого за внешнее сходство (например, за крупные уши или широкое лицо) прозвали Холоном.

В пользу первой версии говорит то, что прозвища по чертам характера встречаются гораздо чаще, чем по названиям предметов быта. Но полностью исключать ремесленный след не стоит — фамилия могла возникнуть независимо в разных губерниях с разной мотивацией. Географически Холонины встречаются преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждает бытование корня именно в этих говорах.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых княжеских — это типичная крестьянская или посадская фамилия, которая закрепилась за родом в XVII–XIX веках. В документах она встречается редко, что делает её интересной для локальных генеалогических разысканий.