Фамилия Хлонин произошла от прозвища Хлоня. Оно восходит к украинскому диалектному глаголу «хлонити», которое имеет значение «впитывать». Вероятно, это прозвище относилось к так называемым «профессиональным» именованиям. Скорее всего, основатель рода в ходе своей деятельности имел дело с какими-либо жидкостями, например, наносил краску на одежду. Кроме этого, прозвище Хлоня могло указывать на некоторые черты характера. Так могли называть человека, который быстро всему учился или умел хорошо приспосабливаться к условиям. Так и прозвище Хлоня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Хлонин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хлоня, со временем получил фамилию Хлонин.