Фамилия Хлонина образована от прозвища Хлоня — так на Руси могли назвать человека, чья манера поведения или род занятий давал повод для такого именования. В основе прозвища лежит украинский диалектный глагол «хлонити», то есть «впитывать». Это сразу подсказывает две возможные ветви толкования, и обе стоит рассмотреть.

Первая версия — профессиональная. Если глагол означал «впитывать», то прозвище Хлоня могло закрепиться за человеком, чья работа была связана с жидкостями: например, красильщиком, который наносил краску на ткань или одежду, или кожевником, имевшим дело с дубильными растворами. В старину ремесленные прозвища часто становились семейными именами, потому что занятие определяло судьбу человека и его потомков. Так и Хлоня мог получить своё имя по делу, которым кормился.

Вторая версия — характеристическая. «Впитывать» можно не только влагу, но и знания, опыт. Хлоней могли прозвать человека, который быстро схватывал новое, легко приспосабливался к обстоятельствам, умел учиться на ходу. В крестьянской среде, где выживание зависело от смекалки, такое качество замечали и закрепляли в прозвище.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Хлонин — это «сын Хлони», потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для русских фамилий, образованных от личных прозвищ, и говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где отчество на -ин было естественной формой именования.

Прозвище Хлоня, судя по всему, не получило широкого распространения — фамилия Хлонина встречается реже, чем однокоренные Хлонов или Хлонев. Возможно, это следствие локального бытования прозвища: оно могло существовать в одном регионе или даже в одном селе, где и закрепилось за родом.

Сегодня фамилия Хлонина хранит память о предке, чьё прозвище было для современников понятным и точным. Был ли он ремесленником, впитывающим краску, или человеком, впитывающим знания, — сказать сложно, но обе версии дают представление о характере основателя рода.