Фамилия Халонина — женская форма от Халонин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Халоня. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: Халонин сын, то есть «сын Халони». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

Корень «хал-» неоднозначен и даёт несколько версий происхождения. Самая прямая — от диалектного глагола «халить»: в некоторых говорах это значит «пачкать, марать» или «портить, ломать». Тогда Халоня — прозвище неаккуратного человека, неряхи или того, кто всё портит. Встречается и значение «бранить, ругать» — в этом случае прозвище мог получить сварливый, бранчливый человек.

Другая версия связывает фамилию с тюркскими корнями, где «хал» означает «состояние, положение» или «родимое пятно, родинка». В этом случае прозвище Халоня могло относиться к человеку с заметной родинкой на лице или к тому, чьё состояние (богатство, бедность) бросалось в глаза. Однако для русской фамилии эта гипотеза менее вероятна: суффикс -оня типичен именно для русских уменьшительно-ласкательных форм (например, Антон → То-ня, Галактион → Галоня), и скорее всего, Халоня — это народная форма от канонического имени Харитон (через вариант Халя, Халоня) или от редкого крестильного имени Хала, Халон.

Встречается фамилия преимущественно в центральных регионах России, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях. Там же фиксируются однокоренные фамилии — Халонин, Халоничев, Халонищев. Социальный состав носителей в XIX веке был в основном крестьянским, что подтверждает бытовое, прозвищное происхождение: предок Халониных был, скорее всего, простым человеком, получившим уличное имя за свой нрав или внешность.