Фамилия Холонина принадлежит к самому распространённому в России типу — «матронимическому» по суффиксу, но по происхождению здесь скорее прозвищному. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Холонин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Холоня. Основа фамилии — нецерковное имя или прозвище Холоня, которое, в свою очередь, образовано от слова «холон». В древнерусском языке «холон» (или «холоп») означало человека, находящегося в личной зависимости, раба, слугу. Однако не стоит думать, что предок обязательно был холопом. Прозвища такого рода часто давали не по реальному социальному статусу, а по поведению, внешности или в насмешку. Холоней могли назвать человека, который работал по найму, прислуживал, или же, наоборот, того, кто вёл себя заискивающе. Возможен и другой вариант: прозвище могло быть производным от диалектного глагола «холонить» — студить, охлаждать, или от слова «холодный» (ср. «холонь» — холод в некоторых говорах). Тогда Холоня — человек с холодным характером, неприветливый. Но версия с социальным термином «холоп» выглядит более убедительной, потому что этот корень широко представлен в древнерусских именах и прозвищах, а также в других фамилиях (Холопов, Холопцев). Географически фамилия Холонина встречается не повсеместно, а тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к бывшим новгородским землям, где была сильна традиция нецерковных имён. Интересно, что фамилия могла писаться и с буквой «о» под ударением, и с «а» в просторечии (Халанина), но в документах закрепился именно вариант с «о». Таким образом, в основе фамилии Холонина лежит древнее бытовое прозвище, связанное либо с социальным положением, либо с чертой характера, а её форма — классический пример отчества на -ин, которое носили и крестьяне, и мещане, и духовенство.