Фамилия Ханонина — женская форма, а мужская, Ханонин, образована по самой распространённой в русском языке модели: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ханонин — «чей?» — «сын Ханони» или «человек из семьи Ханони». В основе лежит личное имя или прозвище Ханоня. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть в еврейскую ономастику.

Вероятнее всего, Ханоня — это обиходная, уменьшительно-ласкательная форма от древнееврейского имени Хананья (Ханания), что означает «Бог смилостивился» или «дар Божий». Такие сокращения на -оня (-оня) характерны для еврейских имён в восточноевропейской среде: вспомните Абрам — Абраша — Абраня, или Хаим — Хаиня. Имя Хананья было широко распространено, и его бытовые варианты вроде Ханоня, Ханон, Хонон оставили след в фамилиях Ханонин, Ханонов, Хононов.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от славянского корня «хан» (в значении «правитель», «восточный владыка»). Прозвище Ханоня могли дать человеку с властным характером или тому, кто служил у татарского хана. Однако в этом случае фамилия была бы редкой для центральной России и встречалась бы скорее в южных или бывших татарских регионах. Поскольку основа Ханоня почти не фиксируется в старых русских документах как прозвище, а как вариант еврейского имени — вполне, первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Ханонина — яркий пример того, как в русской фамильной модели сохранилась память о библейском имени, прошедшем через народную языковую обработку. Носительницы этой фамилии, скорее всего, имеют предков из числа еврейского населения черты оседлости (территории современной Украины, Белоруссии, Молдовы), где такие имена и их производные были обычны.