Фамилия Хабонина, при всей своей редкости, укладывается в ясную словообразовательную модель. Это типичная «материнская» фамилия на -ин, образованная от женского имени или прозвища. В основе лежит имя Хабоня — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Харитина или Хариесса. В русской народной традиции такие сокращения были обычны: Харитину в быту звали Харя, Хоря, а Хабоня — один из вариантов, возникший через перестановку звуков или диалектное произношение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище Хабоня со словом «хабанить» — в некоторых говорах так называли хвастуна или задиру. Если предок получил уличное прозвище за бойкий нрав, то его дети записывались как Хабонины. Третья гипотеза — отчество от тюркского имени Хабан (в переводе «могучий»), но это объяснение слабее: фамилия распространена в центральных русских областях, где тюркские влияния не были основными.

Фамилия Хабонина — женская форма; мужской вариант — Хабонин. Она встречается в основном в Поволжье и в некоторых районах Центральной России, но нигде не образует плотных гнёзд. В дореволюционных переписях её носители чаще всего были крестьянами или мещанами. Фамилия не принадлежала дворянству и не фиксируется в родословных книгах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хабаров, Хабаркин — показывает, что основа Хаб- в русской ономастике нередко связана со словом «хабар» (барыш, удача). Однако в случае Хабонина суффикс -он- указывает именно на личное имя, а не на прозвище по занятию. Поэтому наиболее правдоподобно, что родоначальницей была женщина по имени Хабоня — и фамилия сохранила память о ней, а не о ремесле или характере.