Фамилия Хабонин на первый взгляд кажется простой, но её корень ставит перед исследователем загадку. Словообразовательная модель очевидна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Хабони». Основа «Хабоня» — это, скорее всего, прозвище или уменьшительная форма от какого-то имени. Но от какого?

Самая прямая версия — связь с диалектным словом «хаба». В русских говорах «хаба» означала «толпа, ватага», а «хабить» — «хватать, захватывать» или «портить». Прозвище Хабоня могли дать человеку хваткому, цепкому, возможно, даже нахальному или тому, кто любил присваивать чужое. В ономастике известны фамилии с похожей основой — Хабаров, Хабардин, что подтверждает бытование такого корня. Однако фамилия Хабонин — редкая, и её география невелика. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, единичные записи есть в архивах Рязанской и Тамбовской губерний.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — искажение при переписи от более распространённой фамилии Хабовин или Хабарнин. Без документальных подтверждений это лишь предположение. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов, суффикс -ин здесь указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный, что типично для прозвищных форм. Таким образом, предок носителя фамилии Хабонин, скорее всего, был человеком с характером — хватким, деятельным, за что и получил своё прозвище.