Фамилия Хамонин — редкий случай, где основа почти наверняка не связана с русским именем или ремеслом, а уходит в тюркские или арабские корни. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Хамонин буквально значит «сын Хамони» или «человек из семьи Хамони». В русской модели фамилий на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому исходное прозвище или имя звучало как Хамона.

Самая вероятная версия выводит Хамонина из тюркского слова «хамон» — вариант произношения арабского «хамман» (حمام), что значит «баня» или «банщик». В дореволюционной России банщики часто были выходцами из татарских или башкирских семей, и прозвище Хамона могли дать человеку, который работал в бане или держал баню. В пользу этой гипотезы говорит и география: фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние на русские говоры было сильным.

Есть и более прозаичная версия: Хамонин — это искажённое Хомонин, от прозвища Хомоня (от «хомонить» — шуметь, галдеть). Но такое объяснение слабее: фамилий с корнем Хомон- почти нет в документах, а Хамонин, хоть и редкая, но фиксируется в переписях XIX века.

Спорная гипотеза связывает фамилию с еврейским именем Хаим («жизнь») через уменьшительную форму Хамона. Однако для этого нет лингвистических подтверждений: суффикс -ин в еврейских фамилиях обычно не присоединялся к именам напрямую, а Хамонин не числится в списках типично еврейских фамилий Российской империи.

В любом случае, носитель фамилии Хамонин может с высокой долей вероятности считать, что его предок носил прозвище, связанное с баней, — либо по профессии, либо по месту жительства. Фамилия остаётся локальной и нечастотной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска в конкретных уездах.