Основой фамилии Хаботин послужило мирское имя Хабота. Имя Хабота восходит к аналогичному слову, которым в смоленских говорах называют невоспитанного, некультурного, неотесанного человека. Имя Хабота относится к охранительным именованиям. Вероятно, родители, давая такое имя младенцу, желали, чтобы он был воспитанным и учтивым. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хабота, со временем получил фамилию Хаботин.