Фамилия Хаботкина — женская форма фамилии Хаботкин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хаботка. Слово «хаботка» в русских говорах могло означать нечто маленькое, незначительное или суетливое. В словаре Владимира Даля «хаботать» значит «хлопотать, суетиться, возиться». Соответственно, Хаботкой в народе называли хлопотливого, суетливого человека или непоседу. Возможно и другое толкование: в некоторых диалектах «хаботка» — это мелкая рыбёшка или беспокойное животное, что тоже отсылает к прозвищу по характеру.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность. Хаботкин — «чей?» — сын Хаботки. Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давались по поведению, внешности или роду занятий. Суффикс -ин, а не -ов, намекает на то, что основа оканчивалась на -а, что подтверждает прозвищное происхождение.

География фамилии неширокая, что указывает на её локальное бытование. Хаботкины встречаются преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян с похожими прозвищами, но сама фамилия в документах фиксируется позднее, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии.

Интересно, что фамилия Хаботкин (и Хаботкина) не имеет очевидных параллелей в других славянских языках, что говорит о её чисто русском, диалектном корне. Она не относится к числу «говорящих» фамилий, которые сразу понятны современному носителю языка, но при разборе открывает картину крестьянского быта, где меткое слово могло стать родовым именем на столетия.