Фамилия Хлонникова — женская форма фамилии Хлонников. Разбирать её стоит с мужского варианта, а тот, в свою очередь, образован от прозвища или мирского имени Хлонник. В основе лежит глагол «хло́пать» или диалектное слово «хлон» — так в некоторых русских говорах называли шум, стук, хлопанье. С суффиксом -ник прозвище получало значение «тот, кто хлопает, шумит» или «мастер по изготовлению хлопушек, трещоток».

Вероятнее всего, фамилия возникла в северных или центральных губерниях России, где слово «хлон» (в значении «шум, грохот») встречалось чаще. Ремесленная версия тоже правдоподобна: Хлонником могли прозвать бондаря, который громко стучал при работе, или плотника, сколачивающего ставни и телеги. Слабее выглядит гипотеза о связи с украинским «хлонути» (ударить) — фамилия явно великорусская по суффиксу -ов.

Модель образования типична: прозвище на -ник (Хлонник) → фамилия Хлонников. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Хлонника». Встречается фамилия редко: по данным открытых источников, основное гнездо носителей — Волгоградская область и соседние регионы, что может говорить о переселении крестьян в XIX веке из центральной России в Поволжье.

Однокоренные фамилии — Хлопов, Хлопушин — имеют ту же звуковую основу, но Хлонников стоит особняком из-за редкого суффикса -ник, который в русских фамилиях встречается нечасто. Сословных данных по этой фамилии нет, но суффикс -ов указывает на крестьянское или мещанское происхождение: дворянские фамилии чаще имели окончания -ский или -ой.