Фамилия Хлобынин — редкий пример, где основа настолько прозрачна по звучанию, насколько неочевидна по происхождению. Первое, что слышится — глагол «хлобыстать» (хлестать, бить с размаху, плескать). Однако прямой связи с этим словом может и не быть. Вероятнее, что в основе лежит древнерусское прозвище Хлобыня, образованное от диалектного «хлобынь» — так в некоторых говорах называли болтуна, пустослова или человека, который говорит быстро и сбивчиво, «хлобыщет языком». В псковских и тверских говорах фиксировалось и значение «неряха, растрёпа», что тоже даёт прозвищную характеристику.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хлобынин буквально значит «сын Хлобыни» или «человек из рода Хлобыни». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Хлобын, фамилия стала бы Хлобынов, но форма на -ин говорит, что исходное слово было женского или общего рода, либо имело уменьшительно-ласкательный оттенок.

Фамилия редкая и географически привязана к северо-западу России. Встречается в основном в Новгородской, Псковской и Вологодской областях, что подтверждает её диалектное происхождение. В дореволюционных переписях Хлобынины фиксировались среди крестьян и мещан, реже — среди духовенства. Встречается вариант написания с одной «н» — Хлобынин, что не меняет сути.

Стоит упомянуть и альтернативную, менее вероятную версию: от имени Хлоб, которое могло быть производным от крестильного имени Хлабуда (греч. «молодой побег»). Но эта гипотеза слабая — никаких следов такого имени в святцах или бытовом употреблении нет. Так что основная линия — прозвище, данное за манеру речи или внешний вид.