Фамилия Холушкин — редкая, и её значение напрямую связано с диалектным словом. Основная версия происхождения — от прозвища Холушка, которое, скорее всего, давали человеку с впалыми щеками, худому или измождённому. В южнорусских и украинских говорах «холуша» означала «голень», «кость» или «тощий, костлявый человек». Таким образом, Холушкин — буквально «сын худого, костлявого». Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Холушкин.

Интересно, что слово «холушка» могло иметь и другое, более конкретное значение — «кожаный мешок» или «кисет». Прозвище могли дать тому, кто постоянно носил с собой такой мешок, или же человеку, по роду занятий связанному с выделкой кожи. Однако антропонимические словари (в частности, работы В. А. Никонова) фиксируют эту фамилию именно в контексте внешности, а не ремесла. Вторая версия менее вероятна: иногда Холушкиных ошибочно связывают со словом «холуй», но это разные корни — «холуй» происходит от тюркского «кол» (раб), а «холушка» — исконно славянское.

Географически фамилия встречается очень локально. Основные очаги — Брянская область, а также приграничные районы Смоленщины и Черниговской области Украины. Это подтверждает южнорусскую природу прозвища. В центральных и северных губерниях России Холушкины почти не фиксировались. По сословной принадлежности носители фамилии были преимущественно крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи.

Фамилия сохранила редкую словообразовательную модель: основа «холуш-» плюс суффикс -к- (уменьшительный), что говорит о том, что прозвище было не оскорбительным, а скорее бытовым, описательным. Сравните с однокоренными фамилиями — Холуев, Холуйников — там корень уже другой и смысл иной. Холушкин стоит особняком, и его носители могут с большой уверенностью считать, что их предок был либо очень худым человеком, либо, что реже, кожевником, работавшим с мешками.