Фамилия Холюта — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию, минуя типичные суффиксы -ов или -ин. В ней нет привычного «фамильного» окончания, и это сразу подсказывает, что перед нами, скорее всего, украинская или белорусская модель образования, где прозвища нередко становились фамилиями в исходной форме. В русской традиции такой вариант тоже встречается, но реже.

Основа фамилии — древнерусское слово «холюта» или «холява». В говорах так называли изнеженного, избалованного человека, неженку, того, кто привык к холе и заботе. Сравните с глаголом «холить» — заботливо ухаживать, лелеять. Прозвище Холюта могли дать либо любимому сынку, которого берегли от работы, либо, наоборот, с иронией — ленивцу, который сам себя жалел. В некоторых диалектах у слова был и другой оттенок: «холява» — бездельник, праздный человек.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «холюта» в значении «мелкий, худосочный, щуплый». В этом случае прозвище описывало внешность, а не характер. Однако первое значение — «изнеженный» — более распространено в источниках по исторической ономастике.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи. Её можно встретить в старой переписи Войска Запорожского, где прозвища без суффиксов были нормой, а также в списках мещан и крестьян Черниговской, Полтавской и Киевской губерний XIX века. В современной России фамилия редкая, встречается точечно, преимущественно на юге и в центральных областях.

С точки зрения словообразования, суффикс -ут-а (как в словах «толстута», «грязнута») придаёт прозвищу оттенок свойства или качества в превосходной степени. Холюта — это буквально «тот, кто весь в холе». Такой способ образования характерен для прозвищ, которые закреплялись за человеком как постоянная характеристика.