Фамилия Хомрачева — женская форма фамилии Хомрачев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем в основе. В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён, эта фамилия имеет более редкую и неочевидную этимологию, что делает её разбор особенно интересным.

Корень фамилии — «хомрак» или «хомрач». Скорее всего, это производное от диалектного слова «хомра», которое в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «хомяк». Прозвище Хомрак или Хомрач могли дать человеку за внешнее сходство с этим зверьком — например, за круглолицесть, неторопливость или привычку запасаться. Суффикс -ак/-ач в русских прозвищах часто указывал на носителя характерного признака: сравните фамилии Бородач, Глазач, Усач.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «хомра» (в значении «темный», «смуглый»). В таком случае прозвище могло относиться к цвету волос или кожи. Однако эта гипотеза слабее, так как не находит надёжных параллелей в ономастических источниках, а «хомячья» версия подтверждается существованием однокоренных фамилий Хомяков, Хомра, Хомраков.

Модель образования фамилии стандартна для русского ареала: прозвище (Хомрак) → отчество в притяжательной форме (Хомрачев) → фамилия. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный (рак → рачев, хомрак → хомрачев). Фамилия сравнительно редкая, её носители встречаются в основном в южных областях России и на Украине, что косвенно подтверждает диалектную природу корня.

Сословное происхождение Хомрачевых, как и у большинства носителей фамилий на -ев, — крестьянское или мещанское. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировались у однодворцев и государственных крестьян. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.