Фамилия Хомрачев — одна из тех, где исходное слово почти исчезло из языка, но оставило след в прозвищах. В её основе лежит древнерусское (или диалектное) «хомрак» — так в некоторых говорах называли хомяка. Уменьшительно-пренебрежительная форма «хомрак» (вместо обычного «хомяк») встречается в псковских и тверских памятниках письменности XVI–XVII веков. Человек, получивший такое прозвище, мог быть медлительным, запасливым, немного неуклюжим — черты, которые народная молва приписывала этому зверьку. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Хомрачев буквально значит «сын Хомрача». То есть сначала было личное прозвище Хомрак, а от него образовалось отчество, которое затем закрепилось как фамилия.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий Хомяков или Хомячков, вариант с корнем «хомрак» встречается редко и географически привязан к северо-западу России. В переписных книгах Новгородской земли XVII века попадаются крестьяне с прозвищем Хомрак, что подтверждает локальный характер этой основы. Возможно, в некоторых случаях корень мог смешиваться с украинским «хомра» (неопрятный человек) или польским «chomrak» (сутулый), но для русской фамилии версия с хомяком остаётся основной.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который добавляли к основам на мягкий согласный или на -й. Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Хомрáчев, хотя в некоторых говорах могли произносить с ударением на первый. В дореволюционных документах встречается вариант написания через «о» — Хомрачёв, что отражает живое произношение.

Социальный состав носителей фамилии типичен для северных и центральных губерний: в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов Хомрачевых не зафиксировано — фамилия осталась в простонародной среде. Сегодня она редкая, её можно встретить в Вологодской, Архангельской областях и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы унесли прозвище с собой.