Фамилия Хомуненков — редкая, и её разбор требует внимания к деталям словообразования. На первый взгляд, она кажется «неудобной» для этимолога: корень не лежит на поверхности. Но именно в этом и заключается её интерес.

Строение фамилии подсказывает, что перед нами патроним, то есть фамилия, образованная от личного имени или прозвища предка. Формант «-енков» — это уменьшительно-патронимический суффикс, характерный для южнорусских и украинских говоров. Он означает «сын такого-то» или «потомок такого-то». В центральной России чаще встречается суффикс «-ов», а на юге — «-енко». Форма «-енков» — это уже русифицированный вариант украинской модели: от прозвища на «-енко» (Хомуненко) добавили русский суффикс принадлежности «-ов». Иными словами, Хомуненков — это «сын Хомуненка», а Хомуненок — «сын Хомуна».

Теперь главный вопрос: что такое «Хомун»? Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование.

Первая и наиболее вероятная: «Хомун» — это фонетический вариант имени «Фома» (от арамейского «близнец»). В южнорусских и украинских говорах звук «ф» часто заменяли на «х» или «хв» (вспомните фамилии Хоменко, Хомяков, Хвесько). Имя Фома в народной среде могло звучать как Хома. От него образовали уменьшительное «Хомун» (как «сын Хомы»), а от него — уже знакомую цепочку. Таким образом, Хомуненков — это «внук Фомы». Эта версия поддерживается тем, что фамилия явно происходит из региона, где «х» легко заменяет «ф» (юг России, Украина, Белоруссия).

Вторая версия — от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «хомун» могло означать нечто, связанное с домашним хозяйством или характером человека. Например, «хомут» — деталь конской упряжи. Человек мог получить прозвище Хомун за манеру держать шею или за профессию шорника. Однако эта версия слабее, потому что в русском языке слово «хомун» как самостоятельное не зафиксировано в литературном языке, а «хомутом» называют упряжь. Скорее всего, это просто искажённое или уменьшительное от имени.

Географически фамилия Хомуненков почти наверняка происходит из южных областей России (Курская, Белгородская, Воронежская губернии) или с территории современной Украины. В этих местах модель образования фамилий через «-енко» и «-енков» была основной для крестьян и казаков. Сословно предки Хомуненковых были, скорее всего, крестьянами или однодворцами (государственными крестьянами, нёсшими военную службу), а не дворянами — сложная патронимическая модель с двойным суффиксом характерна именно для простонародья, а не для знати, которая чаще брала фамилии на «-ский» или «-ов» от имён без уменьшительных суффиксов.

Таким образом, фамилия Хомуненков — это живое свидетельство миграции и языковых процессов: украинский уменьшительный суффикс «-енко» оброс русским «-ов», превратив «сына Хомы» в «внука Фомы» (или «потомка Хомуна»). Это не фамилия из дворянских родословных, а имя человека из народа, чей предок носил простое имя Фома в его местном произношении.