Фамилия Хомуева — женская форма фамилии Хомуев, и её происхождение лучше всего рассматривать через мужской вариант. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Хомуй. В русских говорах слово «хомяк» (или «хома») иногда произносили как «хомуй» — через уй вместо як. Это диалектное чередование встречается в северных и сибирских говорах. Соответственно, Хомуем могли прозвать человека, похожего на хомяка: круглого, запасливого, медлительного или с толстыми щеками.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Хомуев буквально значит «сын Хомуя». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -й (сравните: Кузнец — Кузнецов, но Воробей — Воробьёв). В данном случае конечный -й перешёл в -ев, а не в -ов, что грамматически верно для имён и прозвищ с мягким или йотированным окончанием.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «хомуй» — так в некоторых тюркских языках называют сосуд или мешок для хранения зерна. Если предок носителя фамилии был родом из Поволжья или Сибири, где контакт с тюркскими народами был обычным делом, прозвище могло прийти из этого корня. Но эта гипотеза слабее, потому что в русской ономастике фамилии на -ев с тюркской основой редки, а диалектное «хомуй» в значении «хомяк» зафиксировано в словарях русских говоров.

Фамилия Хомуева встречается в основном на Урале и в Западной Сибири — в Курганской, Свердловской, Тюменской областях. Там, в зоне старообрядческого расселения, такие «животные» прозвища были особенно распространены: людей называли не по имени, а по характерной черте внешности или поведения. Носительницы фамилии Хомуева, скорее всего, потомки крестьян или казаков из этих мест. Сословного барьера фамилия не подразумевает — это типичная крестьянская фамилия, без дворянского или духовного следа.