Фамилия Хомулева — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Хомулев. Её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса: -ев указывает на принадлежность по отцу. В русской модели такие фамилии образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. Здесь основа — «Хомуль». Это прозвище или мирское имя, а не крестильное (в святцах такого нет).

Корень «хом-» родствен слову «хомяк». В русских говорах «хомля», «хомуля» — так называли не только самого зверька, но и человека: запасливого, домоседа, чудаковатого или просто полного, круглолицего. Прозвище могло закрепиться за тем, кто напоминал хомяка манерой прятать вещи, копить, редко выходить из дома. Вторая, менее вероятная версия — связь с украинским или белорусским «хомула» (увалень, мешковатый человек), но географически фамилия встречается не только на юге, но и в центральных областях России.

По модели образования фамилия типична для крестьянской среды: без сословной привязки к дворянству или духовенству. Хомулев (и Хомулева) — фамилия, которая фиксируется в переписных книгах XVII–XVIII веков, но не входит в число распространённых. Её носители встречаются в Вологодской, Костромской, Кировской областях, что косвенно подтверждает северорусское происхождение прозвища: «хомуля» в северных говорах означало ещё и «замарашка», «неопрятный человек», но это значение, скорее, вторичное.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хомяков, Хомягин — показывает, что Хомулев стоит особняком: суффикс -уль- в основе редок, он передаёт уменьшительно-пренебрежительный оттенок. То есть Хомуль — это не просто хомяк, а маленький, смешной или несерьёзный хомяк. В этом и состоит уникальность фамилии: она не про зверька вообще, а про его карикатурный образ, каким его видели соседи.