Фамилия Хомухина — женская форма фамилии Хомухин, и её происхождение связано с прозвищем или мирским именем, которое давали человеку на Руси. В основе лежит слово «хомут» — часть конской упряжи, кожаное или верёвочное кольцо с клапаном, которое надевают на шею лошади. Однако фамилия образована не напрямую от «хомут», а от уменьшительно-ласкательной формы «Хомуха» или «Хомушка». Так могли называть человека, который делал хомуты — шорника, или того, кто постоянно ходил в хомуте, то есть был работящим, «впряжённым» в труд. В говорах слово «хомуха» могло иметь и переносное значение — человек, который «надевает хомут» на других, то есть обманывает, завлекает.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Хомухин — сын Хомухи. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ с окончанием на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа часто оканчивается на согласный, здесь мы видим именно такую «материнскую» или «прозвищную» форму. Географически фамилия Хомухин встречается в основном в центральной России и Поволжье, особенно в бывших Калужской, Рязанской и Нижегородской губерниях, где было развито коневодство и шорное ремесло.

Интересно, что фамилия Хомухина может быть родственной более известной фамилии Хомутов. Но если Хомутов — от прямого названия предмета, то Хомухин — от более личного, уменьшительного прозвища, что говорит о близком бытовом контексте. В некоторых диалектах «хомуха» также означала неловкого, неуклюжего человека, который «как хомут на шее» — мешает. Поэтому не исключено, что прозвище дали за характер или манеру поведения.

В дореволюционных документах и переписях фамилия фиксируется в формах Хомухин и Хомухина, без вариантов с «-ов». Дворянского происхождения у неё нет: это крестьянская или мещанская фамилия, которая возникла в среде ремесленников или сельских работников. Встречается она нечасто, что делает её редкой и сохраняющей прямую связь с конкретным ремеслом или бытовой характеристикой предка.