Фамилия Хомяченко напрямую связана с именованием Хомяк, которое и стало её основой. Чтобы понять значение фамилии, нужно разобраться, откуда взялось само слово и что оно означало в момент своего возникновения.

Именование Хомяк, лёгшее в основу фамилии, могло иметь два разных происхождения. Первый вариант — это мирское имя. В древности, до повсеместного распространения христианских имён, родители нередко давали детям имена, образованные от названий животных и растений. Считалось, что, называя ребёнка Хомяком, они делают его «своим» для природы, и к нему перейдут полезные качества этого зверька — запасливость, хозяйственность, умение готовиться к зиме.

Второй вариант — прозвище. Согласно словарю В. И. Даля, в переносном смысле хомяком называли человека вялого, неповоротливого, того, кто любит подолгу поспать. В этом случае прозвище Хомяк указывало на особенности характера и поведения своего носителя, возможно, с долей иронии или добродушного подтрунивания.

Суффикс «-енко», который мы видим в фамилии, — характерная украинская модель образования фамилий. Он буквально означал «сын», «потомок». Поэтому фамилию Хомяченко можно понимать как «сын Хомяка», то есть потомок человека, носившего имя или прозвище Хомяк. Такие фамилии на «-енко» были широко распространены на территории современной Украины, а затем вместе с носителями распространились и дальше на восток.

В документах начала XX века встречаются упоминания этой фамилии, например, Хомяченко Валентина Анатольевна, родившаяся в 1937 году в Читинской области. Это подтверждает, что фамилия не была заперта в одном регионе и со временем оказалась в Сибири, что типично для переселенческих процессов тех лет.