Фамилия Хомышен — редкий пример восточнославянской модели, где основой послужило не полное имя, а его разговорная форма, а суффикс указывает на родство через отца. Если разобрать её по частям, сразу видно, что перед нами типичная украинская или южнорусская фамилия, образованная от имени Хома.

Хома — это народный, сокращённый вариант крестильного имени Фома (от арамейского «близнец»). В украинском и белорусском языках начальное «ф» часто заменялось на «х» (ср. Хведор вместо Фёдор), так что Хома — это тот же Фома, но в местном звучании. Суффикс -ышен указывает на принадлежность: Хомышен буквально значит «чей?» — сын Хомы, то есть «Хомин сын». Эта модель характерна для украинских фамилий на -енко, -ук, -юк, но суффикс -ыш(ен) встречается реже и чаще в западных регионах или в пограничных с Беларусью землях. Похожие фамилии — Хомышев, Хомин, Хоменко.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась в среде крестьян или казаков: имя Хома было распространено именно в простонародье, а не в дворянской среде. Носитель фамилии Хомышен — потомок человека по имени Хома, которого в документах могли записать как Хома, а его сына — как Хомышенко или Хомышен. Со временем окончание -енко (типичное для украинских фамилий) могло сократиться до -ен, что и дало современную форму.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черниговской и Сумской областям Украины, а также к приграничным районам России — Белгородской и Курской областям. Встречается она нечасто: по данным современных телефонных справочников и баз, носителей Хомышен в России и Украине — несколько сотен человек, что делает фамилию редкой, но не исчезнувшей. Спорных версий у этой фамилии нет: корень очевиден, а суффикс однозначно указывает на отчество.