Фамилия Хомыженко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «потомок», то есть Хомыженко — буквально «сын Хомыги» или «потомок Хомыги». Основа здесь — уменьшительно-пренебрежительная форма Хомыга от крестильного имени Фома (в народном произношении — Хома). Если Фома — это «близнец» (от арамейского «теома»), то Хомыга — это уже не сам Фома, а его домашнее, обиходное прозвище, которое могло закрепиться за человеком с таким именем.

Интересно, что в украинской ономастике суффикс -ыга (-ига) встречается реже, чем более распространённые -ук, -юк или -ак. Он придаёт основе оттенок фамильярности или даже некоторой грубоватости, как, например, в фамилиях Ходыга, Коврига или Бобыга. Таким образом, Хомыженко — это не просто «сын Хомы», а «сын того, кого в быту звали Хомыгой». Такая модель показывает, что предок носителя фамилии был человеком незнатного происхождения, скорее всего, рядовым казаком или крестьянином, и его имя в семье звучало по-простому, без официальной торжественности.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она встречается редко, в основном среди потомков переселенцев с Украины. В документах XIX века написание могло колебаться: встречаются варианты Хомиженко, Хомыженко и даже Хомыженков (под влиянием русской канцелярской традиции добавлять -ов). Однако корень остаётся неизменным — он ведёт к простому украинскому Хоме, то есть Фоме, который в народной памяти остался персонажем сомневающимся, но в случае с фамилией — просто одним из многих носителей распространённого имени.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Хомыженко стоит в одном ряду с Хоменко, Хомяк, Хомутовский, но отличается от них именно этим редким суффиксом -ыг-. В то время как Хоменко — самая массовая форма («сын Хомы»), Хомыженко указывает на более конкретное прозвище предка, которое могло быть дано ему за какую-то особенность поведения или внешности, но сейчас уже не поддаётся точной расшифровке. Единственное, что можно сказать уверенно: предок носителя фамилии был не просто Фомой, а тем Фомой, которого в кругу своих называли уменьшительно и чуть фамильярно — Хомыга.