Фамилия Хондаченко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования. Её сразу выдают суффикс -енко, который в украинской ономастике выполняет роль отчества или указателя на потомка: буквально «чей-то сын» или «маленький». В данном случае — «сын Хондака» или «потомок Хондака». Основа Хондач- — это производная форма от прозвища или имени, которое легло в корень.

Самая вероятная версия происхождения корня — от глагола «хонда́чити» или диалектного «хонда́ть». В южнорусских и украинских говорах это слово означало «стучать», «грохотать», «бить», а иногда и «шагать», «идти с шумом». Прозвище Хондак или Хондач могли дать человеку шумному, неуклюжему, громогласному или, наоборот, тому, кто работал молотом, кузнечным инструментом — отсюда и звуковая ассоциация. Корень тюркского происхождения (ср. «хонда» — «палка», «дубина» в некоторых тюркских языках) тоже возможен, но менее убедителен: фамилия закрепилась в среде, где преобладала славянская лексика.

Географически фамилия Хондаченко тяготеет к восточным областям Украины (Сумская, Полтавская, Черниговская) и приграничным районам России (Белгородская, Курская области). Это типичная фамилия казацко-крестьянского сословия. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются носители сходных прозвищ, но сама форма на -енко закрепилась чуть позже, в период, когда украинские фамилии окончательно оформились после ликвидации Гетманщины.

Любопытная деталь: в отличие от фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иван → Иванченко), Хондаченко стоит в ряду «ремесленных» или «характерных» прозвищ. То есть предок этого рода, скорее всего, был не сыном обладателя редкого имени, а сыном человека с ярким бытовым прозвищем — возможно, кузнеца, плотника или просто громкого соседа. Фамилия редкая, в списках частотных не значится, что говорит о её узколокальном происхождении: один род, один населённый пункт.