Фамилия Хондаренко — классический пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике XVI–XVIII веков выполнял роль отчества или указания на принадлежность к роду: Хондаренко буквально означало «сын Хондаря» или «потомок Хондаря». Сама основа фамилии — Хондарь — это фонетический вариант слова «гондарь», то есть бондарь, мастер по изготовлению бочек и деревянной посуды.

Переход «г» в «х» в украинских говорах встречается нередко, особенно в южных и западных регионах. В литературном украинском языке слово звучит як «бондар», но в диалектах закрепились формы «гондар», «хондар». Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, ремесленником-бондарем, а его дети и внуки получили прозвание по его занятию. Фамилии на -енко чаще всего встречаются в центральной и левобережной Украине, исторически на территории Гетманщины и Слобожанщины.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Хондаренко), и склоняется в женском варианте (Анны Хондаренко). Варианты написания с буквой «г» (Гондаренко) существуют и являются более распространёнными, но форма через «х» не является ошибкой — это отражение живой диалектной речи. В отличие от многих фамилий на -енко, которые могли образоваться от крестильных имён (Иваненко, Петренко), Хондаренко напрямую указывает на профессию предка, что делает этимологию прозрачной и надёжной.