Фамилия Хондючин — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и заставляет обратиться к диалектной лексике. Перед нами типичная «отческая» фамилия с суффиксом -ин, который в русской модели означает принадлежность к отцу: «чей?» — Хондючин, то есть сын Хондючи. Основа, Хондюча (или Хондюка), вероятнее всего, восходит к прозвищу, которое давали человеку за манеру речи или походку.

Ключ к разгадке — в южнорусских и украинских говорах. Глагол «хондыбить» или «хондобить» означал «ковылять», «идти вразвалку», «ступать неуклюже». Человек, который ходил, слегка припадая на одну ногу или переваливаясь с боку на бок, легко мог получить прозвище Хондюча. Суффикс -юч- (-юк-) в этом случае придаёт уменьшительно-пренебрежительный или просто обиходный оттенок, как в словах «бродюга» или «гуляка». Таким образом, Хондюча — это «тот, кто хондыбает», то есть хромающий или неуклюжий.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, где «хон» могло означать «хан» или «господин», а «дюча» — искажённое имя. Однако в пользу славянской версии говорит то, что фамилия встречается в районах, где были распространены курские и воронежские говоры, а также на Украине. Там же бытуют однокоренные фамилии — Хондюк, Хондюков, Хондюченко, что подтверждает единое гнездо.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья. В XIX веке носители фамилии Хондючин фиксировались в основном среди государственных крестьян и однодворцев юга России — людей, которые несли пограничную службу и вели хозяйство. Прозвище, данное предку за внешний признак, не несло уничижительного смысла — в деревенской среде меткие прозвища были нормой и передавались как фамильное имя.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной. Её редкость и прозрачная, хоть и не сразу читаемая этимология делают Хондючина интересным примером того, как простое диалектное слово может стать основой для фамилии, сохранившейся через столетия.