Фамилия Хондина — женская форма, а её мужской вариант — Хондин. С точки зрения словообразования это типичная русская фамилия на -ин, которая образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хондин, то есть «сын Хонды» или «человек из семьи Хонды».

Главная загадка — в основе «Хонд-». Наиболее вероятное объяснение лежит в диалектной лексике. В русских говорах слово «хонда» или «хондать» имело несколько значений, и все они связаны с бытом и характером. В северных и сибирских говорах «хонда» — это ленивый, неповоротливый человек, увалень. В других областях «хондить» означало «гнуть, мять, комкать» или «плакать, хныкать». Таким образом, прозвище Хонда могли дать либо медлительному и флегматичному человеку, либо тому, кто постоянно мял или гнул что-то (например, в работе с лыком, берестой или кожей), либо капризному ребёнку.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с тюркским словом «хон» (кровь, родич, племя). В таком случае Хонда могло быть прозвищем пришлого человека или потомка знатного рода, но для центральной России это скорее исключение, чем правило. Филологи склоняются к славянской диалектной основе, так как фамилия встречается в основном в старообрядческих и крестьянских средах Поволжья и Урала, где такие прозвища были обычны.

Географически фамилия Хондина (и Хондин) редкая, её очаги — Пермский край, Кировская область, Удмуртия. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за одним из родоначальников как бытовая характеристика. Сословного барьера у фамилии нет — в ревизских сказках XIX века Хондины числятся и государственными крестьянами, и мещанами.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хондаков, Хондеев) показывает, что основа «хонд-» — не заимствование, а живое диалектное слово, которое в разных регионах обросло разными суффиксами. Фамилия Хондина — один из немногих сохранившихся следов этой лексики в современной антропонимии.