Фамилия Хондока — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русском языке она не вписывается ни в одну из массовых моделей: нет суффикса -ов, -ев, -ин или -ский. Это сразу указывает на то, что фамилия, скорее всего, нерусская по корню, либо прошла через сильное искажение при записи.

Первое, что приходит в голову при взгляде на фамилию — восточное или кавказское происхождение. Основа «хонд» встречается в тюркских и монгольских языках. Например, в казахском и киргизском «хон» или «кон» означает «ночевать», «останавливаться», а «хонды» — «остановившийся», «пришедший на ночлег». В татарском языке есть слово «хондык» — «гость», «пришелец». Фамилия Хондока могла образоваться от прозвища Хондок — «гость», «пришлый человек», «странник». Окончание -а в русской записи могло появиться из-за адаптации тюркского слова к женскому роду или как диалектное окончание.

Вторая версия — грузинские корни. В грузинском языке суффикс -ока нехарактерен, но основа «хонди» или «хонда» может быть связана с местными названиями. Например, есть село Хонда в регионе Имерети, а фамилии на -ока иногда встречаются в русском Закавказье как результат русификации грузинских окончаний. Однако эта версия менее вероятна, так как грузинские фамилии обычно оканчиваются на -дзе, -швили, -ия, -ава.

Третья версия — фамилия могла возникнуть как искажение при переписи. В XIX веке при составлении ревизских сказок и метрических книг писарь мог записать на слух необычное прозвище или иноязычную фамилию как «Хондока». Например, украинская фамилия Хонда или польская Chondoka могла быть записана с лишним слогом.

География фамилии сегодня — единичные случаи. Носители Хондока встречаются в России (преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области), а также среди потомков казаков, где смешивались тюркские, кавказские и славянские элементы. Сословная принадлежность предков неясна: это могли быть крестьяне, казаки или мещане.

Если отталкиваться от самой правдоподобной версии, фамилия Хондока происходит от тюркского прозвища «хондок» — «гость», «пришлый» — и была зафиксирована в русской среде в адаптированной форме. Носитель такой фамилии мог быть потомком переселенца, который когда-то получил прозвище за то, что был чужим в этих местах.