Фамилия Хондоцкая — редкая и звучит по-польски или по-украински. Её основа — корень «хонд-», который может восходить к польскому слову «chudy» (худой, тощий). В польском языке «chudy» дало множество прозвищ: Худый, Худяк, Худзик, а также фамилии с суффиксами -ецкий/-цкий. Если добавить суффикс -ецкий, получится «Худецкий», который в русской передаче мог превратиться в «Хондецкий». Женская форма — Хондоцкая.

Суффикс -цк- (в мужском варианте -цкий) указывает на шляхетское или дворянское происхождение в Польше и Речи Посполитой. Такие фамилии часто образовывались от названий поместий или местечек: владелец хутора Худы (или Хонды) получал прозвище Хондецкий. Вторая версия — фамилия могла возникнуть от прозвища «Хонда»: в украинских говорах так могли называть человека с особенностями походки (от «хондати» — ковылять) или просто как вариант имени Кондрат (через форму Хондро).

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: Гродненская, Волынская губернии, а также к украинскому Полесью. Встречается она и у русских староверов, переселившихся в Сибирь. Социальный срез — скорее всего, предки были мещанами или однодворцами, но не исключено и обедневшее шляхетство, утратившее привилегии после разделов Польши.

Написание с буквой «о» в первом слоге — результат аканья или просто описки в документах: исходное «Худецкая» могли записать на слух как «Хондецкая». Вариант «Хондоцкая» с ударением на втором слоге — самый распространённый в современных базах данных.