Фамилия Хондогин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней слышен нерусский корень, и это главная зацепка. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, восходящего к тюркскому слову «хонду» или «конду». В тюркских языках «конду» имеет значение «остановился», «осел», «поселился». Такое прозвище могли дать пришлому человеку, который осел на новом месте, или, напротив, коренному жителю, который «прирос» к земле. Вторая версия — от тюркского личного имени Хондук или Кондук, которое тоже связано с понятием оседлости и гостеприимства.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Хондогин — сын или потомок Хондоги (так на русский лад могло трансформироваться исходное имя). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Если бы основа звучала как Хондог, мы бы получили фамилию Хондогов, но у нас именно «-ин», что подтверждает версию о начальной форме Хондога — человека по прозвищу Хондога.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным русским словом «хонды» или «хоньки» — так в некоторых говорах называли ленивую, медлительную лошадь (сравните с «хонькать» — мешкать). Тогда Хондогин — потомок человека, которого за медлительность прозвали Хондогой. Однако эта гипотеза слабее: подобные прозвища редки, а тюркский корень даёт более логичную и распространённую модель для фамилии с таким звучанием.

Географически фамилия Хондогин встречается крайне редко, в основном в центральных и южных регионах России, где исторически был силён тюркский субстрат и контакты с татарским, башкирским или казахским населением. Носители фамилии, вероятно, происходят из служилых людей или крестьян, получивших фамилию по прозвищу предка. Сословная принадлежность в данном случае не восстанавливается — фамилия не даёт подсказок в виде дворянского суффикса или географической привязки к известному роду.

В итоге: Хондогин — фамилия, скорее всего, тюркского происхождения, означающая «потомок осевшего» или «пришлого, который остался». Она — редкий пример того, как русская фамилия хранит память о межэтнических контактах и бытовых прозвищах, ушедших из живого языка.