Фамилия Хондоцкий — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение. Её основа, суффикс и окончание (-цкий) указывают на типичную польскую или западнорусскую (белорусскую, украинскую) фамилию, образованную от названия местности. В польской традиции фамилии на -цкий/-ский получали дворяне-шляхтичи, которые брали имя по своему поместью. Впрочем, на восточнославянских землях эта модель со временем распространилась и на непривилегированные сословия.

Корень «Хондот-» или «Хондоц-» — скорее всего, топонимический. В Польше и на западе Украины можно найти несколько небольших поселений с похожими названиями: Хондоти, Хондоць, Хондоты. Само слово, вероятно, восходит к древнепольскому или древнерусскому диалектному «хондот» — так в некоторых говорах называли низкорослую, коренастую лошадь, крепыша. В переносном смысле прозвище Хондот могли дать человеку невысокого роста, плотному и сильному. Соответственно, Хондоцкий — это либо «выходец из Хондотей», либо «потомок Хондота».

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же географических фамилий, как Заблоцкий (от Заблотье), Островский (от Остров), Домбровский (от Домброва). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Хондо́цкий, что тоже свойственно польскому произношению.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая. Она распространена в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в Польше, а также в тех регионах России, куда в XIX–XX веках переселялись выходцы из этих земель. В дореволюционных метрических книгах Хондоцкие чаще всего записаны как мещане или крестьяне, реже — как мелкопоместная шляхта. Известных исторических фигур с этой фамилией нет, что делает её типичным примером локального родового имени, не вышедшего за пределы своего края.