Фамилия Хандина — женская форма, но в русской традиции она закрепилась за женщинами, а мужской вариант — Хандин. По модели образования это типичная «патронимическая» фамилия с суффиксом -ин, который в древнерусском языке указывал на принадлежность: «чей?» — Хандин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ханда.

Самое интересное — основа Ханда. Здесь есть два основных объяснения, и оба имеют право на жизнь. Первое и самое очевидное: Ханда — это производная форма от канонического крестильного имени Харитон (в просторечии Харитон → Харя → Ханя → Ханда). Уменьшительные имена на Руси часто укорачивались до неузнаваемости: Харитон превращался в Ханю, а от него через добавление суффикса -д- (как в «Ваня — Ванда», «Саня — Санда») возникла форма Ханда. Такая модель — не редкость, она встречается в фамилиях Вандин, Сандин. Харитон в переводе с греческого означает «щедрый, благодатный», так что предок мог носить имя с положительным смыслом.

Второе объяснение — тюркское или арабское происхождение. В языках народов Поволжья и Средней Азии слово «хан» означает «правитель, владыка», а «ханды» или «ханда» могло быть прозвищем в значении «ханский, принадлежащий хану» или даже «тот, кто держится как хан». В этом случае фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркских народов, а затем обрусела через суффикс -ин. Однако для русских фамилий такая прямая тюркская основа без промежуточного прозвища встречается реже, чем сокращение от Харитона.

Географически фамилия Хандина не привязана к одной области — она встречается и в центральной России, и в Поволжье, и на Урале. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Ханда, что подтверждает её бытовое, а не аристократическое происхождение. Сословно предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, а не дворяне: фамилии на -ин у дворян обычно образовывались от полных имён (Пушкин — от Пушка, а не от Пушки), а Ханда — явно народная, уличная форма.

Если выбирать между версиями, то первая — от Харитона через Ханю — выглядит убедительнее для исконно русских носителей. Тюркский след возможен, но в таком случае фамилия должна была бы чаще встречаться в южных регионах и сохранять ударение на первый слог (Ха́ндина), тогда как в русском произношении часто слышится ударение на второй (Ханди́на), что ближе к уменьшительному имени.