Фамилия Хонджонов — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Основа фамилии, «Хонджон», с высокой вероятностью указывает на топоним Ходжент (современный Худжанд, Таджикистан). В русской дореволюционной и раннесоветской традиции этот город часто писали как «Ходжент» или «Хонджент», а выходцев называли «хонджонцами». Суффикс -ов в фамилии — стандартный русский патронимический формант, который в данном случае прикреплён не к личному имени, а к названию места жительства: «Хонджонов» буквально означает «сын хонджонца», то есть человека из Худжанда.

Модель образования фамилии от названия города через этнохороним (название жителя) — хорошо известный приём в русской ономастике. Сравните с фамилиями Казанцев, Тамбовцев, Ростовцев. Однако в случае Хонджонова мы видим не типичный суффикс -ев/-ов, присоединённый к основе на -ец (как было бы «Ходженцев»), а более редкий вариант: основа «Хонджон» (от «хонджонец» с отпадением -ец) плюс -ов. Такая форма могла закрепиться в устной речи или при записи фамилии в метрических книгах, где писарь упростил звучание.

Версия о происхождении от тюркского или персидского личного имени маловероятна. В мусульманских именниках нет распространённого имени Хонджон, а попытки разложить корень на «хан» и «джан» (хан-душа) дают искусственную конструкцию, которая не встречается в реальной антропонимии Средней Азии. Поэтому связь с Худжандом остаётся единственным убедительным объяснением.

Носители фамилии Хонджонов, скорее всего, ведут род из среды русских или крещёных татар, живших в Туркестане в XIX — начале XX века, либо из числа выходцев из Средней Азии, принявших православие. Фамилия могла появиться у солдат, купцов или чиновников, служивших в Ходженте, а затем перебравшихся в центральные губернии России. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её узколокальное происхождение — она не разошлась широко, а осталась в пределах нескольких семейных ветвей, возможно, связанных с одним регионом.