Фамилия Хоненёва — женская форма фамилии Хоненёв. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хоня. Это слово в русских говорах имело несколько значений. В новгородских и псковских землях «хоней» или «хонёй» называли лентяя, бездельника, ротозея. В других областях «хоня» — это ласковое обращение к ребёнку, а в некоторых говорах — «хитрец» или «пройдоха». Какое из этих значений легло в основу прозвища, сейчас сказать трудно, но все они вполне объяснимы.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Хоня добавился суффикс -ев-, указывающий на принадлежность («чей?» — Хоненёв, то есть сын Хони). Суффикс -ёв- под ударением (а не -ев-) — характерная черта северо-западных русских говоров, где в фамилиях часто встречается такое произношение. Это косвенно подтверждает возможное происхождение фамилии из Новгородчины или Псковщины. Встречается фамилия и в других регионах, но её географическая привязка к Русскому Северу и северо-западу прослеживается.

Редкость фамилии объясняется нечастым употреблением самого прозвища Хоня. В отличие от популярных имён-основ (Иван, Петр, Михаил), Хоня — слово диалектное, локальное. Поэтому носители фамилии Хоненёвы — это, скорее всего, потомки выходцев из одной или нескольких соседних деревень, где прозвище было в ходу. Сословного барьера у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство (хотя последнее редко брало в основу фамилии прозвища с негативным оттенком).

Поскольку фамилия редкая, в дореволюционных справочниках и словарях она не фиксировалась так широко, как, скажем, Иванов или Смирнов. Однако в метрических книгах XIX — начала XX века Хоненёвы встречаются, что подтверждает её живую историю, а не случайное образование. Единственная сложность: при поиске в современных базах данных нужно учитывать, что фамилию могли записывать через «о» (Хоненов) или с другим ударением.