Фамилия Хоненев образована от прозвища Хонен. Оно ведет свое начало от монгольского нарицательного «хонен» («хонон») - «звонок, сигнал», «колокол, колокольчик». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть сигнальщиком на судне, смотрителем маяка, стражем, звонарем, либо мастером по отливке колоколов. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило тюркское «henen» - «наивный, легковерный».