Фамилия Хонеонов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд она кажется застывшей формой родительного падежа множественного числа: «Хонеонов» — «из семьи Хонеоновых». Но если отбросить окончание -ов, остаётся основа «Хонеон», которая в русском языке не встречается ни как имя, ни как прозвище.

Скорее всего, мы имеем дело с искажением при записи. Фамилия могла возникнуть от имени Хонон (вариант канонического имени Конон, которое носили несколько раннехристианских святых). В южнорусских и украинских говорах начальное «к» перед «о» могло переходить в «х»: Конон → Хонон. Тогда Хонеонов — это «Хононов», то есть сын Хонона, а буква «е» в первом слоге появилась под влиянием акающего произношения (Хонон → Ханóн → Ханéонов?).

Другая версия отсылает к тюркским корням. В языках народов Кавказа и Поволжья есть личное имя Хоне (или Хонай), которое могло лечь в основу фамилии. Суффикс -ов указывает на обрусение, а значит, предок мог быть крещёным татарином, чувашом или осетином, получившим фамилию по отцу. В этом случае Хонеонов — «внук Хонея», где «Хонеон» — это Хоней с наращением -он.

Третья, менее вероятная версия — связь с греческим словом «хонео» (лить, выплавлять металл). Если предок был литейщиком, его могли прозвать Хонеем, а потомков записать как Хонеоновы. Но для русского ономастикона это нетипично.

Географически фамилия сегодня встречается единично, в основном на юге России и в Закавказье, что подтверждает обе версии: и южнорусскую (переход Конон → Хонон), и тюркскую (заимствование через Кавказ). Однозначного ответа нет, но наиболее правдоподобно, что Хонеонов — это искажённая форма патронима от имени Конон.