Фамилия Хононова — женская форма, в мужском варианте она звучит как Хононов. В русской традиции такие фамилии образованы от полных или уменьшительных форм личных имён, прозвищ или названий профессий с помощью патронимического суффикса -ов (в женском роде — -ова). Однако здесь есть особенность: основа «Хонон» неочевидна и редка, что сразу наводит на мысль о заимствовании или диалектном корне.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским или монгольским происхождением. В бурятском, калмыцком и некоторых тюркских языках слово «хонон» (или «хон») означает «овца» или «баран». В кочевых культурах такие прозвища давали людям по скотоводческому занятию, по внешнему сходству (например, кудрявые волосы, как овечья шерсть) или по характеру (спокойный, покладистый). Суффикс -ов в данном случае русифицировал тюркскую основу, что типично для фамилий, возникших в зонах смешения русского и азиатского населения — в Сибири, Забайкалье, на Алтае или в Поволжье. Мужской предок Хононов мог быть скотоводом, чабаном, или же просто носить прозвище «Хонон» за сходство с этим животным.

Альтернативная, но менее убедительная версия — связь с греческим именем Хонон (вариант Иоанн через тюркское посредство). Однако в греческом нет устойчивых форм «Хонон», а в русских святцах такое имя не встречается, поэтому эта гипотеза слаба.

Географически фамилия Хононов/Хононова встречается в основном в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае — это подтверждает её азиатский след. В центральных регионах России она почти не бытует. Социально предки носителей фамилии, скорее всего, относились к казачьему или крестьянскому сословию, жившему на границе с кочевыми народами.

Ударение в фамилии, по аналогии с большинством русских фамилий на -ов, падает на второй слог: Хоно́нова. Но в регионах с сильным тюркским влиянием может встречаться ударение на первый слог — Хо́нонова. Фамилия редкая, и её написание устойчиво: без вариантов с буквой «а» на конце основы, так как корень «хонон» не имеет чередований.