Фамилия Хонон — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычная структура: в ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это первый сигнал, что корни фамилии, скорее всего, не славянские, а иноязычные, и попала она в русский контекст относительно поздно или через миграцию.

Самый вероятный источник фамилии — еврейский. В основе лежит личное имя Хонон, которое восходит к древнееврейскому слову «ханун» (милостивый, сострадательный). В Танахе это один из эпитетов Бога, а в быту имя Хонон (или Хананья) давали мальчикам как пожелание божественной милости. Фамилия, образованная от такого имени без дополнительных суффиксов, — типичная модель для ашкеназских еврейских фамилий, особенно в регионах Восточной Европы (Польша, Украина, Беларусь). Там часто фиксировали имя отца или предка как родовое прозвище, которое затем и стало фамилией.

Встречается и менее распространённая версия — восточная, тюркская. В некоторых тюркских языках «хонон» или «конон» могло означать «кровь» или «родня», но эта гипотеза слабее, так как не подкреплена массовой географией фамилии. Основной ареал бытования Хонон — бывшая черта оседлости, где жили еврейские общины, а не степные кочевые регионы.

Написание фамилии с буквой «х» в начале — результат адаптации через идиш или немецкий язык, где звук «х» передаёт гортанный звук, близкий к еврейскому «хет». В дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты Хонон, Хононн или даже Гонон (из-за путаницы с глухим «г» в некоторых говорах). В русском языке фамилия осталась несклоняемой для женщин и склоняется по второму склонению для мужчин.

Таким образом, человек с фамилией Хонон, скорее всего, потомок еврейского предка по имени Хонон, жившего в местечках на западе Российской империи. Фамилия не указывает на профессию или сословие, а прямо говорит о личном имени родоначальника, которое несли как благословение.