Фамилия Хонох — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не русская по происхождению, хотя и живёт в русском ономастиконе. Её основа не имеет славянских корней, а модель образования нестандартна для фамилий на -ов или -ин. Скорее всего, перед нами фамилия, записанная на слух от иноязычного имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия связывает Хонох с библейским именем Енох (в латинской и греческой традиции — Энох, в древнееврейском — Ханох). Имя это означает «освящённый», «посвящённый» или «начало пути». В русской народной среде, особенно в старообрядческих или южнорусских говорах, имя могло произноситься через «х» в начале — как Хонох или Ханань. Фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого в быту звали Хонохом — либо как полное имя, либо как прозвище по библейскому персонажу.

Вторая версия, менее распространённая, но не исключённая: Хонох — это тюркское или кавказское имя, записанное русскими писцами. В некоторых тюркских языках есть корень «хон» (гость, кров) или «хонох» (ночевать, останавливаться). Тогда фамилия могла возникнуть как прозвище гостеприимного человека или того, кто давал ночлег. Однако эта гипотеза слабее: для фамилий на -х в русской среде библейские имена встречаются чаще, чем тюркские бытовые прозвища.

Фамилия Хонох не имеет суффикса — она осталась в «чистом» виде, без типичного русского -ов/-ев или -ин. Это указывает на то, что она могла быть записана в форме самого имени или прозвища, без переоформления. Такое бывает у фамилий позднего происхождения, у переселенцев или у людей, чью фамилию зафиксировали в документах «как слышится». Географически фамилия встречается единично, в основном на юге России и в украинских областях — там, где библейские имена в народной форме были распространены.

По сословной принадлежности сказать почти нечего: Хонох мог быть крестьянином, казаком или мещанином. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство — у тех фамилии обычно оформлены иначе. В любом случае, носитель фамилии Хонох — обладатель редкого ономастического следа, который ведёт либо к древнему библейскому имени, либо к бытовому прозвищу на перепутье культур.