Фамилия Хонор — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. В славянской традиции нет слова «хонор», которое могло бы лечь в основу прозвища или имени. Поэтому первое, что приходит в голову при анализе, — это заимствование. Скорее всего, фамилия имеет иностранные корни, и её носители в России — потомки выходцев из Европы.

Наиболее очевидная версия — английское слово honour (честь, почёт). В этом случае фамилия Хонор могла быть либо прозвищем (честный, благородный человек), либо, что менее вероятно, образована от личного имени Honour, которое встречается в англоязычных странах как женское имя пуританского происхождения. Попасть в Россию такая фамилия могла через обрусевших британцев, шотландцев или через семьи, жившие в Прибалтике, где влияние немецкой и английской культуры было сильнее. В русской записи английское произношение (ˈɒnə) могло трансформироваться в «Хонор» — с характерным для передачи английского h твёрдым «х».

Есть и другая, менее распространённая, но лингвистически интересная версия. В некоторых немецких диалектах и в идише слово «хонор» (Honor) могло означать «гонорар», «вознаграждение» или «почётный дар». В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, связанного с денежными расчётами или получавшего плату за особые услуги. Однако эта гипотеза слабее, так как в немецком чаще встречается фамилия Honorat или Honig, а не чистое Honor.

Географически фамилия Хонор в России встречается крайне редко, единичными семьями, и не привязана к какому-либо конкретному региону или сословию. Это исключает версию о массовом крестьянском прозвище. Скорее всего, это фамилия, закрепившаяся за одной-двумя ветвями, ведущими род от иностранного специалиста, купца или офицера, приглашённого на русскую службу в XVIII–XIX веках. Проверить это можно по метрическим книгам лютеранских или католических приходов Петербурга, Москвы или Одессы. В современной России носители фамилии Хонор — это, вероятно, потомки именно таких обрусевших иностранцев, утративших связь с исходным языком, но сохранивших необычную для русского уха фамилию.