Фамилия Хонер — редкий пример в русском ономастиконе, и сразу бросается в глаза её нерусская основа. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия немецкого или еврейского происхождения, которая сохранила исходное написание и не была русифицирована.

Если исходить из немецкого корня, то в основе лежит слово «Hohn» — насмешка, издевка. В таком случае Хонер (Höhner) — это прозвище насмешника или острослова, человека с едким языком. В средние века в немецких землях такие прозвища были распространены и легко закреплялись за ремесленниками или крестьянами. Альтернативная версия связывает фамилию с топонимом Хон (Hohn) — так называется несколько небольших населенных пунктов в землях Рейнланд-Пфальц и Шлезвиг-Гольштейн. Тогда Хонер — это выходец из такого места, то есть «тот, кто родом из Хона».

Есть и вторая, менее очевидная линия. В идише существует слово «хон» (כּהן) — это вариант произношения слова «коэн», то есть потомок первосвященника Аарона. Фамилия Хонер могла возникнуть как вариант написания или искажение фамилии Коган/Кохен в среде ашкеназских евреев. Однако для этой версии характерно окончание -ер, которое в восточноевропейском идише часто указывало на профессию («тот, кто делает»), а не на статус, поэтому она менее вероятна.

В России фамилия Хонер встречается крайне редко и, как правило, у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг империи в XVIII–XIX веках. Встречается она и у евреев, но в обоих случаях фамилия не претерпела изменений — её не «обрусели», не добавили суффиксов. Именно это делает её уникальной: носитель фамилии Хонер может с высокой долей уверенности говорить о своих западноевропейских или еврейских корнях, а сама фамилия — это не прозвище, данное на Руси, а привезённое извне, сохранившее первоначальный облик.