Фамилия Ханенёва в своей основе содержит редкий для русского ономастикона суффикс -енёв. Такая модель образования типична для прозвищ, которые заканчивались на -еня: Ханеня, Буреня, Косеня. Суффикс -еня в древнерусском языке придавал слову уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок, часто так называли человека по характерному признаку или поведению. Соответственно, Ханенёв — это «сын Ханени» или «из рода Ханени».

Корень «хан» в фамилии — самый спорный и интересный элемент. Самое прямое объяснение — прозвище Хан, данное человеку с властным, повелительным нравом или внешне похожему на восточного правителя. Однако в русских говорах у слова «хан» было и другое значение. В некоторых диалектах, особенно на юге России и в Поволжье, «хан» или «ханя» означало «ротозей», «простофиля», а также «пьяница». В. И. Даль фиксирует глагол «ханить» — «порицать, бранить, хулить». Таким образом, прозвище Ханеня могло означать не «маленький хан», а скорее «ворчун» или «тот, кого постоянно бранят».

Версия о тюркском происхождении (от титула «хан») менее вероятна для фамилии с русским суффиксом -енёв. Такие фамилии обычно возникали в крестьянской или посадской среде, где титул «хан» давали в насмешку или как уличное прозвище. Если бы фамилия была знатного тюркского происхождения, она, скорее всего, сохранила бы форму Ханёв или Ханов.

Географически фамилия Ханенёва редкая и локализованная. По данным современных исследований, она встречается преимущественно в Воронежской области и на востоке Украины (Харьковская, Сумская области). Это совпадает с территорией распространения южнорусских говоров, где слово «ханя» в значении «простофиля» было в ходу. Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии — крестьянин или однодворец из Черноземья, получивший уличное прозвище Ханеня за свой характер или привычку.