Фамилия Ханенов — один из тех редких случаев, когда корень прозрачен, но путь его превращения в фамилию неочевиден. Основа здесь — тюркское слово «хан» (правитель, князь, владыка). Однако прямой переход от титула к фамилии маловероятен: в русской традиции так не называли детей напрямую. Скорее всего, в основе лежит прозвище Хан, которое давали человеку за властный нрав, богатство или просто в насмешку, как ироничное величание.

Особенность фамилии — в суффиксе. Типичная русская модель образования от прозвищ на «-а/-я» выглядит как Ханенко (украинская ветвь) или Ханин (с суффиксом -ин). Здесь же мы видим суффикс -енов, что встречается реже и обычно указывает на форму отчества от имени или прозвища на «-еня»: Ханеня → Ханенов. То есть исходное прозвище могло звучать как Ханеня — уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от Хан. Такое словообразование типично для южнорусских и украинских говоров, где фамилии на -енко и -енов распространены.

Географически фамилия Ханенов тяготеет к югу России и бывшим землям Войска Донского. В казачьей среде титул «хан» не был диковинкой — его носили калмыцкие и татарские старшины, переходившие на русскую службу. Не исключено, что предок Ханеновых был крещёным татарином или калмыком, получившим при крещении прозвище по прежнему статусу, а его потомки закрепили это в фамилии.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -енов не выделяется как отдельный тип, но описывается как вариант на стыке украинского и русского ареалов. Так что Ханенов — не просто «сын хана», а, вероятнее, «внук Ханени» или «потомок того, кого звали Ханеня». Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, имеют общие корни в одном из южных регионов, где смешались тюркские и славянские ономастические традиции.